Fondé en 1591 par le prince-évêque Jacques Christophe Blarer de Wartensee, l'ancien collège des Jésuites prend place en ses murs en 1604 et participe à la réputation de ville d'études. L'enseignement y était fait en latin pour que chacun se comprenne. Les 400 élèves provenaient des régions catholiques de Suisse, de France et d'Allemagne.

L'Eglise des Jésuites est attenante au Lycée cantonal et à l'arrière s'y trouve également un magnifique jardin botanique.

Le Lycée cantonal est aujourd'hui une institution dispensant un enseignement général, la seule du Canton du Jura permettant d'obtenir un certificat de maturité gymnasiale.