L’église Saint-Germain est la première église paroissiale de Porrentruy. La première mention écrite relative à celle-ci date du XIIe siècle. Le sanctuaire que l’on peut voir actuellement a été construit au XIIIe siècle.

On peut diviser ce monument en deux parties :

• le chœur qui est un bon exemple de transition entre le style roman tardif et le gothique ;
• la nef est un agrandissement de l’église, datant de 1658, inspirée du style baroque.

Le chœur, par son architecture, crée une ambiance de recueillement et donne à l’église tout son charme. Quant à la nef, elle est enrichie par de remarquables vitraux gothiques et de nombreuses fresques. A remarquer, au sol, les dalles déplacées de l’église Saint-Pierre, au milieu du XVIIIe siècle, « mémorial » des familles bourgeoises et illustres de Porrentruy, à l’époque des princes-évêques.