Autrefois orthographié Porrentrui, le toponyme Porrentruy a suscité des explications diverses. Certains indiquent que ce toponyme provient de Pons Ragentrudis, soit le pont de Ragentrude, femme du bon roi Dagobert, morte en 639.

D’autres font référence à Bruntrutum qui signifie « pays où les sources sont abondantes », ce qui fait référence aux nombreuses rivières qui arrosent ou sillonnent la Ville de Porrentruy.

La prudence nouvelle des étymologistes incite à ne retenir que la première syllabe pour affirmer que Porrentruy est une « ville pont ».